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Text File  |  1995-07-25  |  2.5 KB  |  62 lines
  1. *******************************************************
  2. * Sodium:neurotransmitter symporter family signatures *
  3. *******************************************************
  4.  
  5. After their release by synapses the action  of  a  number of neurotransmitters
  6. is  terminated  by  their   high  affinity   sodium-dependent   reuptake  into
  7. presynaptic terminals  by specific transport proteins [1 to 4]. These proteins
  8. are the  target of psychomotor stimulants such as amphetamines or cocaine. All
  9. these proteins  belong  to  a family, known [5] as the sodium:neurotransmitter
  10. symporter family  (SNF),  that  also  include  some transporters that function
  11. outside the  brain  and  carry  related molecules. The SNF family is currently
  12. known to consist of transporters for:
  13.  
  14.  - Betaine (also transports GABA).
  15.  - Choline.
  16.  - Creatine.
  17.  - Dopamine.
  18.  - GABA (four different forms of GABA transporters have been characterized).
  19.  - Glycine.
  20.  - Noradrenaline.
  21.  - Proline.
  22.  - Serotonin (5HT).
  23.  - Taurine.
  24.  
  25.  - Rat orphan transporter NTT4.
  26.  - Caenorhabditis elegans hypothetical transporter T23G5.5.
  27.  
  28. All these  transporters  are  glycoproteins  of  about  600  to 700 amino acid
  29. residues which  seem  to  contain  12  transmembrane  domains. Apparently both
  30. termini are cytoplasmically located.
  31.  
  32. As signature patterns for these proteins we have selected two highly conserved
  33. regions. The first region spans the C-terminal part of the first transmembrane
  34. domain, a short extracellular  loop,   and  the N-terminal part of  the second
  35. transmembrane  domain.   The  second  region   is   located  in   the  largest
  36. extracellular loop between the third  and fourth  transmembrane domains;  this
  37. region  contains two conserved cysteines  that  could be involved in disulfide
  38. bonds.
  39.  
  40. -Consensus pattern: W-R-F-P-Y-x-[CA]-x(2)-N-G-G-G-x-[FY]
  41. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  42. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  43.  
  44. -Consensus pattern: Y-[LIVMFY]-x(2)-[SC]-[LIVMFY]-[STQ]-x(2)-L-P-W-x(2)-C-
  45.                     x(4)-N-[GST]
  46.                     [The C could be involved in a disulfide bond]
  47. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  48. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  49.  
  50. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  51.  
  52. [ 1] Snyder S.H.
  53.      Nature 354:187-187(1991).
  54. [ 2] Schloss P., Mayser W., Betz H.
  55.      FEBS Lett. 307:76-80(1992).
  56. [ 3] Attwell D., Bouvier M.
  57.      Curr. Biol. 2:541-543(1992).
  58. [ 4] Uhl G.R.
  59.      Trends Neurosci. 15:265-268(1992).
  60. [ 5] Reizer J., Reizer A., Saier M.H. Jr.
  61.      Submitted(1993).
  62.